История медицинского учреждения начинается в 1963 году, когда был построен родильный комплекс, состоящий из нескольких основных и вспомогательных зданий. С момента открытия учреждение осуществляло деятельность под названием «Чирчикский городской родильный дом» и оказывало специализированную медицинскую помощь женщинам, роженицам и новорожденным.
В последующие годы учреждение активно развивалось и было преобразовано в Чирчикский акушерский комплекс. В ноябре 2008 года в соответствии с приказом Управления здравоохранения Ташкентской области №01219 от 4 ноября 2008 года медицинское учреждение получило статус Ташкентского областного перинатального центра. В связи с этим были открыты новые специализированные отделения, включая отделение выхаживания недоношенных новорожденных на 20 коек и отделение реанимации новорожденных на 6 коек.